يتولى مكتب المشاريع في وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي كل ما يتعلق بعمل مشاريع وبرامج الوكالة وعماداتها، وإداراتها، ويتم توجيهها ضمن صلاحياته، كما يتولى متابعة إعداد و تنسيق المشاريع والخطط التشغيلية لها والرفع بها لجهات الاختصاص.
ووظيفته تحسين الأداء والنتائج، وتقديم الدعم اللازم لمدراء المشاريع في تحقيق أهداف مشاريع الوكالة.